Nato a Ghilarza (OR) il 13 febbraio 1956.
Laureato in Scienze Politiche all'Università di Cagliari nel 1981, entra al Ministero degli Affari Esteri nel 1985.
Dopo un primo incarico alla Direzione Generale Affari Economici, nel 1989 viene nominato console a Teheran.
Nel 1994 è alla rappresentanza permanente alle Nazioni Unite di New York.
Nel 1998 rientra a Roma nel gabinetto del Ministro degli Esteri Lamberto Dini.
Nel 2000 viene destinato a Tirana come consigliere
Dal 2004 al 2007 è Ambasciatore a Kabul, dove rimane dal 2008 al 2010 come Rappresentante speciale dell'Unione europea per l'Afghanistan e il Pakistan.
Dal 2011 al 2013 è Capo Delegazione dell'Unione Europea in Albania.
Dal 2014 è capo di gabinetto dei Ministri Federica Mogherini e Paolo Gentiloni.
Nel 2015 viene promosso ambasciatore di grado e nominato Ambasciatore presso la Repubblica Popolare Cinese.
Nel settembre 2019 Sequi torna alla Farnesina come capo di gabinetto del Ministro Luigi Di Maio.
Dal 12 maggio 2021 al 28 febbraio 2023 ha ricoperto la carica di Segretario Generale del Ministero degli affari esteri.
Dal 24 maggio 2022 è Vice Presidente di SACE SpA.
È Cavaliere di Gran Croce dell’Ordine al Merito alla Repubblica Italiana. Tra gli altri riconoscimenti, ha ricevuto il Premio per la Pace Giuseppe Dossetti nel 2012, l’onorificenza spagnola dell’Ordine di Isabella la Cattolica e la medaglia d’oro dell’Ordine di Ghazi Mir Bacha Khan per il suo “grande contributo alla pace e alla sicurezza in Afghanistan”.
Parla correntemente inglese, francese, spagnolo; ha conoscenze di arabo. Fra i suoi interessi, annovera il tennis, la vela, la letteratura e la storia.